Arrêt maladie et salaire : ce que touche vraiment le salarié

Un arrêt maladie entraîne, dans la grande majorité des cas, une perte de revenu réelle. Sauf disposition contraire d'une convention collective ou décision unilatérale de l'employeur, le maintien intégral du salaire n'est pas la règle. Le salarié perçoit des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) après un délai de carence de 3 jours, auxquelles peut s'ajouter un complément versé par l'employeur. Savoir précisément comment ces deux mécanismes s'articulent, c'est indispensable : pour l'employeur qui doit établir la paie sans erreur, comme pour le salarié qui veut anticiper ce qu'il va vraiment toucher.

Ce qu'il faut retenir

• Les IJSS sont plafonnées à environ 52,28 € bruts par jour en 2026 (50 % du salaire journalier de base), avec un délai de carence de 3 jours sauf exceptions légales.
• L'employeur doit verser un complément de salaire dès 1 an d'ancienneté : 90 % du salaire net pendant 30 à 60 jours selon l'ancienneté, puis 66,66 % pour une durée équivalente.
• La DSN doit intégrer l'arrêt de travail dans les 5 jours suivant le premier jour d'absence ; tout retard retarde le remboursement CPAM et perturbe la trésorerie.
• Confondre arrêt maladie ordinaire et accident du travail est une erreur fréquente : les taux IJSS (60 % puis 80 % pour AT) et le délai de carence (inexistant pour AT) diffèrent.
• La convention collective prime sur le Code du travail si elle est plus favorable ; ne pas l'appliquer expose l'employeur à un rappel de salaire sur 3 ans.

Comment fonctionne l'indemnisation lors d'un arrêt maladie

Pendant un arrêt maladie, deux sources d'indemnisation peuvent se cumuler : les indemnités journalières versées par l'Assurance Maladie (CPAM) et un complément de salaire versé par l'employeur.

Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) sont calculées sur le salaire brut des 3 derniers mois précédant l'arrêt (ou des 12 derniers mois pour les salariés à revenus variables). Le montant retenu correspond à 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 1,8 fois le SMIC journalier, soit environ 52,28 € bruts par jour en 2026. Ce plafond est révisé chaque année.

Le délai de carence légal est de 3 jours. Pendant ces trois premiers jours, aucune IJSS n'est versée. Cette règle joue pour chaque arrêt distinct. Exception notable : si l'arrêt fait suite à une rechute de la même affection dans un délai inférieur à 48 heures après la reprise, le délai de carence ne s'applique pas une seconde fois.

Pour percevoir les IJSS, le salarié doit satisfaire à plusieurs conditions d'ouverture de droits :

• Avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédant l'arrêt (ou 600 heures sur les 12 derniers mois)
• Avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire sur les 6 derniers mois
• Envoyer son avis d'arrêt à la CPAM dans les 48 heures suivant la prescription médicale

Si ces conditions ne sont pas remplies, le salarié peut se retrouver sans aucune indemnisation pendant toute la durée de son arrêt.

Un salarié qui anticipe ces conditions peut aussi explorer d'autres options en cas d'absence prolongée, comme les congés sans solde pour les situations non prises en charge par la Sécurité sociale.

Le délai de carence et ses exceptions en pratique

Le délai de carence de 3 jours est souvent mal connu, notamment dans ses exceptions. Plusieurs situations permettent de le supprimer ou de le neutraliser, ce qui a un impact direct sur la gestion de la paie du mois concerné.

Le délai de carence est supprimé dans les cas suivants :

• Affection de longue durée (ALD) : aucun jour de carence pour le salarié atteint d'une pathologie reconnue en ALD
• Maternité pathologique avant le congé maternité : les arrêts liés à la grossesse bénéficient d'un régime dérogatoire
• Rechute dans les 48 heures : nouveau certificat médical établi moins de 48 heures après la reprise du travail
• Accident du travail ou maladie professionnelle : le délai de carence ne s'applique pas

En dehors de ces quatre situations, l'employeur n'a aucune obligation légale de compenser les 3 jours de carence. Certaines conventions collectives prévoient toutefois une prise en charge totale ou partielle de ces jours. Le salarié a donc tout intérêt à consulter sa convention collective pour connaître ses droits réels.

Concrètement, un arrêt de 5 jours ouvrés pour un salarié au SMIC mensuel brut (environ 1 801,80 € en 2026) se traduit par une perte d'environ 3 jours de salaire brut si aucun maintien n'est prévu, soit autour de 240 € bruts non perçus.

Le complément employeur : obligations légales et conventionnelles

L'employeur est tenu, sous certaines conditions, de verser un complément de salaire pendant l'arrêt maladie. Ce mécanisme est encadré par l'article L1226-1 du Code du travail, tel que modifié par la loi de mensualisation.

Pour y prétendre, le salarié doit réunir plusieurs critères cumulatifs :

• Justifier d'au moins 1 an d'ancienneté dans l'entreprise
• Avoir transmis son certificat médical dans les 48 heures
• Être pris en charge par la Sécurité sociale (c'est-à-dire percevoir des IJSS)
• Ne pas être en cure thermale prise en charge
• Ne pas être en arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle (régime distinct)

Le niveau de maintien légal prévu par le Code du travail est progressif selon l'ancienneté :

• 1 à 5 ans d'ancienneté : 90 % du salaire brut pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant 30 jours supplémentaires
• 6 à 10 ans : 90 % pendant 40 jours, puis 66,66 % pendant 40 jours
• 11 à 15 ans : 90 % pendant 50 jours, puis 66,66 % pendant 50 jours
• 16 à 20 ans : 90 % pendant 60 jours, puis 66,66 % pendant 60 jours
• Plus de 25 ans : durées maximales selon la convention applicable

Ces taux s'entendent en salaire net maintenu, IJSS déduites. L'employeur ne verse que la différence entre les IJSS perçues et le pourcentage garanti. Si la convention collective est plus favorable que la loi, c'est elle qui prime. Pour naviguer sereinement dans ces règles, un passage par un expert-comptable ou un juriste RH reste la meilleure option.

La direction des ressources humaines joue un rôle clé dans le suivi de ces obligations légales et conventionnelles, notamment pour s'assurer que les bons taux sont appliqués à chaque salarié.

Calcul concret du salaire pendant un arrêt maladie

Simuler le salaire versé pendant un arrêt maladie, c'est le meilleur moyen d'éviter les erreurs de paie et les contentieux. Voici le calcul étape par étape.

Étape 1 : Calculer les IJSS brutes Prendre le salaire brut des 3 derniers mois, diviser par 91,25 pour obtenir le salaire journalier de base (SJB), puis appliquer le taux de 50 %. Le résultat est plafonné à 52,28 € bruts/jour en 2026.

Étape 2 : Déduire les cotisations sur les IJSS Les IJSS sont soumises à la CSG (6,2 %) et à la CRDS (0,5 %), soit 6,7 % de prélèvements sociaux. Les IJSS nettes sont donc légèrement inférieures aux IJSS brutes.

Étape 3 : Calculer le complément employeur Si le salarié dépasse 1 an d'ancienneté, l'employeur maintient un pourcentage du salaire net et verse la différence entre ce pourcentage et les IJSS nettes perçues.

Exemple concret : un salarié au salaire brut mensuel de 3 000 € avec 3 ans d'ancienneté, en arrêt depuis 5 jours :

• SJB = 3 000 × 3 / 91,25 = 98,63 €
• IJSS brutes = 98,63 × 50 % = 49,31 €/jour
• IJSS sur 2 jours indemnisés (3 jours de carence) = 98,62 €
• Salaire net théorique perdu = environ 240 € net
• Complément employeur = différence jusqu'à 90 % du salaire net (ancienneté ≥ 1 an)

Ce calcul varie selon la pratique de la subrogation : si l'employeur la met en place, il perçoit les IJSS directement de la CPAM et verse au salarié le salaire maintenu. Sinon, le salarié reçoit les IJSS de la CPAM et l'employeur verse uniquement le complément.

Ces calculs doivent être maîtrisés par les équipes RH, et l'entretien annuel d'évaluation peut être l'occasion d'aborder avec le salarié ses droits en matière de prévoyance et de maintien de salaire.

Subrogation : avantages et obligations pour l'employeur

La subrogation, c'est le mécanisme par lequel l'employeur maintient le salaire du salarié et se fait rembourser les IJSS directement par la CPAM. Pas une obligation légale, mais une pratique répandue dans les entreprises qui appliquent un maintien de salaire.

L'intérêt pour le salarié est réel : il continue de percevoir son salaire habituel sans attendre les versements de la CPAM, qui interviennent généralement avec un décalage de 2 à 4 semaines. Pour l'employeur, la contrepartie est d'avancer la trésorerie correspondant aux IJSS.

Pour mettre en place la subrogation, l'employeur doit :

• Mentionner la subrogation sur l'attestation de salaire transmise à la CPAM via le portail net-entreprises.fr
• Maintenir un salaire au moins égal aux IJSS qui auraient été versées directement au salarié
• Déclarer l'arrêt en DSN (Déclaration Sociale Nominative) dans les délais impartis

L'événement "arrêt de travail" doit être intégré dans la DSN dans un délai de 5 jours suivant le premier jour d'absence, ou au plus tard le jour de la paie suivante. Tout retard peut décaler le remboursement CPAM et créer une tension sur la trésorerie. Pour les entreprises qui cherchent à renforcer leurs équipes RH sur ces processus, l'alternance en ressources humaines constitue une piste sérieuse à moindre coût.

Arrêt maladie prolongé : ce qui change au-delà de 30 jours

Un arrêt maladie de longue durée fait peser des obligations supplémentaires sur l'employeur, bien au-delà du seul maintien de salaire. La gestion RH et administrative se complexifie à partir du 30e jour d'absence continue.

Dès 30 jours d'arrêt consécutifs, l'employeur doit organiser une visite de reprise avec le médecin du travail dans les 8 jours suivant la reprise effective. Cette visite est obligatoire, sauf si une visite de pré-reprise a été organisée à l'initiative du salarié, du médecin traitant ou du médecin du travail.

À partir de 3 mois d'arrêt, le médecin du travail peut déclencher un examen de pré-reprise pour anticiper les éventuels aménagements de poste. Et un point souvent mal compris : l'employeur ne peut pas licencier un salarié en arrêt maladie ordinaire en raison de son état de santé. Un licenciement pour perturbation de l'entreprise liée à des absences répétées reste possible, mais uniquement sous des conditions strictes validées par la jurisprudence.

Sur le plan du salaire, le complément employeur s'éteint à l'issue des durées maximales prévues par le Code du travail (30 à 60 jours selon l'ancienneté). Au-delà, seules les IJSS sont versées, dans la limite de 360 jours sur une période de 3 ans. Pour les affections de longue durée reconnues, ce plafond peut atteindre 3 ans d'indemnisation. Le salarié couvert par une prévoyance d'entreprise peut percevoir des indemnités complémentaires après épuisement des droits employeur.

Les erreurs à éviter dans la gestion de la paie en cas d'arrêt maladie

Certaines erreurs reviennent de façon récurrente dans la gestion des arrêts maladie. Elles exposent l'employeur à des redressements URSSAF ou à des litiges devant le Conseil de prud'hommes.

Erreur 1 : Ne pas transmettre l'attestation de salaire à la CPAM Sans cette attestation, la CPAM ne peut pas calculer les IJSS. Le salarié subit un retard de paiement et peut se retourner contre son employeur. La transmission doit intervenir dès le 1er jour d'arrêt via la DSN ou net-entreprises.fr.

Erreur 2 : Calculer le maintien sur le salaire brut plutôt que sur le net Le Code du travail prévoit un maintien calculé sur le salaire net, IJSS déduites. Calculer sur le brut conduit à une sur-indemnisation susceptible d'être requalifiée en avantage en nature taxable.

Erreur 3 : Oublier les charges sociales sur le complément employeur Le complément versé par l'employeur est soumis aux cotisations sociales habituelles (part patronale et salariale). Ce n'est pas une indemnité exonérée.

Erreur 4 : Confondre arrêt maladie ordinaire et accident du travail Les règles de maintien, le délai de carence (inexistant pour un AT), et les taux IJSS (60 % du SJB pendant les 28 premiers jours, puis 80 % pour les AT) sont différents. Appliquer le régime maladie ordinaire à un accident du travail est une erreur de paie.

Erreur 5 : Ignorer la convention collective applicable BTP, transports, métallurgie, commerce de détail... beaucoup de conventions prévoient des conditions plus favorables que le Code du travail. Ne pas les appliquer expose l'employeur à un rappel de salaire sur 3 ans de prescription.

Dans les situations où l'arrêt maladie précède une rupture du contrat, il est également utile de connaître les règles relatives à la rupture conventionnelle et au chômage pour conseiller le salarié au mieux.